Ha a telepítődhöz egyéni funkciókra van szükséged azonkon kívül, amelyekre az Inno Setup jelenleg lehetőséget ad (mint az AUTOEXEC.BAT módosítása, adatbázis alias-ok regisztrálása, vagy egy NT szolgáltatás regisztrálása), három lehetőséged van:
Ez a jelenleg leggyakrabban használt és a legegyszerűbb megoldás egyéni telepítési feladatok megvalósítására. Először írj egy rövid programot egy általad választott fejlesztői eszközzel (lehetőleg olyannal, amelyik önálló (stand-alone) EXE-ket készít, mint a Delphi), ami elvégzi a kívánt feladatot, majd másold az EXE-t a szkripted könyvtárába. Ezután helyezz el egy bejegyzést a szkripted [Files] szakaszában, amely hatására a Telepítő bemásolja az EXE-t a telepítés átmeneti könyvtárába ("{tmp}"):
[Files]
Source: "AutoexecModosit.exe"; DestDir: "{tmp}"
Végül írj hozzá a [Run] szakaszhoz egy bejegyzést, amely hatására a Telepítő végrehajtja az EXE-t a telepítés elvégzése után:
[Run]
Filename: "{tmp}\AutoexecModosit.exe"
Ha a program további információkat igényel, mint az "{app}" állandó eértéke, megadhatod neki parancssori paramétereken keresztül, például:
[Run]
Filename: "{tmp}\AutoexecModosit.exe"; Parameters: """{app}"""
A [Run] szakasszal kapcsolatos további információkat az Inno Setup dokumentációjában találod.